Dataset Previews
First, initialize by adding tools and declare floating type
using GriddingMachine
using PkgUtility
using Plots
using Plots.PlotMeasures
ENV["GKSwstype"]="100";
FT = Float32;
# use this to fix the problem in generated preview.jl file
F1 = joinpath(@__DIR__, "../../Artifacts.toml");
F2 = joinpath(@__DIR__, "../../../Artifacts.toml");
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS = (isfile(F1) ? F1 : F2);
predownload_artifact.(["CH_20X_1Y_V1",
"CHL_2X_7D_V1",
"CI_12X_1Y_V1",
"CI_PFT_2X_1Y_V1",
"GPP_MPI_2X_1M_2005_V1",
"GPP_VPM_5X_8D_2005_V1",
"LAI_4X_1M_V1",
"LM_ERA5_4X_1Y_V1",
"LNC_2X_1Y_V1",
"LPC_2X_1Y_V1",
"NDVI_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"NIRO_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"NIRV_AVHRR_20X_1M_2018_V1",
"RIVER_4X_1Y_V1",
"SIF740_TROPOMI_1X_1M_2018_V1",
"SLA_2X_1Y_V1",
"TD_12X_1Y_V1",
"VMAX_CICA_2X_1Y_V1",
"WD_2X_1Y_V1",
"NPP_MODIS_1X_1Y"],
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS);#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
-=O#- # # #
0.4%
# 2.7%
### 5.2%
######### 13.8%
################################## 47.3%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.2%
1.1%
# 2.8%
###### 9.3%
####################### 32.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
1.2%
#### 5.6%
########### 16.7%
############################ 40.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
# 2.0%
####### 10.5%
##################### 29.2%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.1%
0.8%
# 1.6%
### 4.2%
########### 15.4%
###################################### 54.2%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.1%
0.3%
0.7%
# 1.7%
#### 5.9%
############### 21.9%
############################# 40.5%
######################################## 56.8%
################################################ 67.4%
###################################################### 76.3%
############################################################## 86.6%
##################################################################### 97.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.2%
1.4%
## 3.1%
######### 12.8%
################################### 49.7%
###################################################################### 97.3%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
## 3.0%
############ 17.5%
################################## 48.3%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
## 3.7%
################ 22.9%
###################################################### 75.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
## 3.6%
################ 22.5%
########################### 38.8%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.0%
0.1%
0.1%
0.3%
1.1%
## 3.9%
##### 7.1%
###### 9.3%
####### 10.4%
######### 13.0%
########## 14.5%
########### 16.3%
############# 18.1%
############## 20.0%
############### 21.8%
################# 23.8%
################## 25.7%
################### 27.6%
##################### 29.6%
###################### 31.6%
######################## 33.5%
######################### 35.5%
########################### 37.5%
############################ 39.5%
############################# 41.5%
############################### 43.5%
################################ 45.6%
################################## 47.6%
################################### 49.7%
##################################### 51.7%
###################################### 53.8%
######################################## 55.9%
######################################### 57.9%
########################################### 60.0%
############################################ 62.1%
############################################## 64.3%
############################################### 66.3%
################################################# 68.3%
################################################## 70.5%
################################################### 71.8%
#################################################### 73.3%
##################################################### 74.8%
###################################################### 76.3%
######################################################## 77.9%
######################################################### 79.5%
########################################################## 81.0%
########################################################### 82.6%
############################################################ 84.2%
############################################################# 85.8%
############################################################## 87.5%
################################################################ 89.1%
################################################################# 90.7%
################################################################## 92.3%
################################################################### 94.0%
#################################################################### 95.6%
###################################################################### 97.3%
####################################################################### 99.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.0%
0.1%
0.1%
0.5%
# 1.9%
## 3.8%
#### 6.8%
###### 9.6%
######## 12.1%
######### 13.6%
########## 15.0%
########### 15.8%
############ 17.8%
############# 19.0%
############## 20.2%
############### 21.4%
################ 22.7%
################# 23.9%
################## 25.2%
################### 26.4%
################### 27.7%
#################### 29.0%
##################### 30.3%
###################### 31.5%
####################### 32.9%
######################## 34.2%
######################### 35.5%
########################## 36.8%
########################### 38.1%
############################ 39.5%
############################# 40.8%
############################## 42.1%
############################## 42.8%
############################### 44.4%
################################ 45.4%
################################# 46.4%
################################## 47.3%
################################## 48.3%
################################### 49.3%
#################################### 50.4%
#################################### 51.4%
##################################### 52.4%
###################################### 53.4%
####################################### 54.4%
####################################### 55.5%
######################################## 56.5%
######################################### 57.6%
########################################## 58.6%
########################################## 59.7%
########################################### 60.7%
############################################ 61.8%
############################################# 62.9%
############################################## 64.0%
############################################## 65.1%
############################################### 66.2%
################################################ 67.2%
################################################# 68.3%
################################################# 69.4%
################################################## 70.6%
################################################### 71.7%
#################################################### 72.8%
##################################################### 73.9%
###################################################### 75.0%
###################################################### 76.2%
####################################################### 77.3%
######################################################## 78.4%
######################################################### 79.6%
########################################################## 80.7%
########################################################## 81.8%
########################################################### 82.9%
############################################################ 84.0%
############################################################# 85.2%
############################################################## 86.3%
############################################################## 87.5%
############################################################### 88.0%
################################################################ 89.4%
################################################################ 90.2%
################################################################# 91.0%
################################################################## 91.9%
################################################################## 92.6%
################################################################### 93.5%
################################################################### 94.4%
#################################################################### 95.2%
##################################################################### 96.1%
##################################################################### 96.9%
###################################################################### 97.8%
####################################################################### 98.7%
####################################################################### 99.6%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.0%
0.1%
0.1%
0.3%
1.0%
## 4.0%
##### 7.8%
######## 11.6%
########### 15.4%
############# 19.1%
################ 22.8%
################### 26.6%
##################### 30.4%
######################## 34.2%
########################### 38.0%
############################## 41.7%
################################ 45.5%
################################### 49.3%
###################################### 53.1%
######################################## 56.8%
########################################### 60.6%
############################################## 64.3%
################################################# 68.1%
################################################### 71.9%
###################################################### 75.6%
######################################################### 79.4%
########################################################### 83.1%
############################################################## 86.9%
################################################################# 90.7%
################################################################### 94.4%
###################################################################### 98.2%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.3%
# 1.6%
## 4.1%
############ 16.7%
############################################# 63.1%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.2%
1.0%
# 2.6%
##### 7.8%
################### 26.5%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
## 3.6%
################ 22.3%
###################################### 52.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
0.2%
# 1.8%
## 3.0%
#### 6.5%
############# 18.1%
############################################### 66.2%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
##### 7.2%
#################### 28.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
# 2.8%
############ 17.1%
######################## 33.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
###################### 30.9%
######################################################################## 100.0%Then, define a function to plot the dataset
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
size=(700,300),
framestyle=:none)
end
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int, clim::Tuple)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
clim=clim,
size=(700,300),
framestyle=:none)
endpreview_data (generic function with 2 methods)
Leaf level datasets
Leaf chlorophyll content
LCH_LUT = load_LUT(LeafChlorophyll{FT}());
mask_LUT!(LCH_LUT, FT[0,Inf]);
LCH_LUT = regrid_LUT(LCH_LUT, Int(size(LCH_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(LCH_LUT.data,3)
preview_data(LCH_LUT, i, (0,80));
end
gif(anim, fps=5)
Leaf nitrogen content
LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogen{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)Leaf phosphorus content
LPC_LUT = load_LUT(LeafPhosphorus{FT}());
mask_LUT!(LPC_LUT, FT[0,Inf]);
LPC_LUT = regrid_LUT(LPC_LUT, Int(size(LPC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LPC_LUT, 1)Specific leaf area
SLA_LUT = load_LUT(LeafSLA{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)Vcmax
VCM_LUT = load_LUT(VcmaxOptimalCiCa{FT}());
mask_LUT!(VCM_LUT, FT[0,Inf]);
VCM_LUT = regrid_LUT(VCM_LUT, Int(size(VCM_LUT.data,2)/180));
preview_data(VCM_LUT, 1)Stand level datasets
Canopy height
CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightGLAS{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)Clumping index
# global clumping index
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexMODIS{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
preview_data(CLI_LUT, 1, (0.4,1))# global clumping index per PFT
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexPFT{FT}());
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(CLI_LUT.data,3)
preview_data(CLI_LUT, i, (0.4,1));
end
gif(anim, fps=1)
Gross primary productivity
# GPP MPI
GPP_LUT = load_LUT(GPPMPIv006{FT}(), 2005, "2X", "8D");
GPP_LUT = regrid_LUT(GPP_LUT, Int(size(GPP_LUT.data,2)/180));
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
anim = @animate for i ∈ 1:46
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=5)
# GPP VPM
GPP_LUT = load_LUT(GPPVPMv20{FT}(), 2005, "5X", "8D");
GPP_LUT = regrid_LUT(GPP_LUT, Int(size(GPP_LUT.data,2)/180));
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
anim = @animate for i ∈ 1:46
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=5)
Leaf area index
LAI_LUT = load_LUT(LAIMonthlyMean{FT}());
LAI_LUT = regrid_LUT(LAI_LUT, Int(size(LAI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(LAI_LUT.data,3)
preview_data(LAI_LUT, i, (0,6));
end
gif(anim, fps=1)
Normalized difference vegetation index
NDV_LUT = load_LUT(NDVIAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NDV_LUT = regrid_LUT(NDV_LUT, Int(size(NDV_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NDV_LUT.data,3)
preview_data(NDV_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)
Near infrared reflectance of vegetation
NIV_LUT = load_LUT(NIRvAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NIV_LUT = regrid_LUT(NIV_LUT, Int(size(NIV_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NIV_LUT.data,3)
preview_data(NIV_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)
Near infrared reflectance of vegetation with offset
NIO_LUT = load_LUT(NIRoAvhrr{FT}(), 2018, "20X", "1M");
NIO_LUT = regrid_LUT(NIO_LUT, Int(size(NIO_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(NIO_LUT.data,3)
preview_data(NIO_LUT, i, (0,1));
end
gif(anim, fps=1)
Net primary productivity
NPP_LUT = load_LUT(NPPModis{FT}());
mask_LUT!(NPP_LUT, FT[-Inf,1e19]);
NPP_LUT = regrid_LUT(NPP_LUT, Int(size(NPP_LUT.data,2)/180));
NPP_LUT.data .*= 1e9;
preview_data(NPP_LUT, 1)Sun induced fluorescence
SIF_LUT = load_LUT(SIFTropomi740{FT}(), 2018, "1X", "1M");
mask_LUT!(SIF_LUT, FT[-100,100]);
anim = @animate for i ∈ 1:12
preview_data(SIF_LUT, i, (0,3.5));
end
gif(anim, fps=3)
Tree density
TDT_LUT = load_LUT(TreeDensity{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(TDT_LUT, FT[0,Inf]);
TDT_LUT = regrid_LUT(TDT_LUT, Int(size(TDT_LUT.data,2)/180));
preview_data(TDT_LUT, 1, (0, 150000))Wood density
TDT_LUT = load_LUT(WoodDensity{FT}());
mask_LUT!(TDT_LUT, FT[0,Inf]);
TDT_LUT = regrid_LUT(TDT_LUT, Int(size(TDT_LUT.data,2)/180));
preview_data(TDT_LUT, 1)Land surface
Land elevation
ELE_LUT = load_LUT(LandElevation{FT}());
mask_LUT!(ELE_LUT, FT[0,Inf]);
ELE_LUT = regrid_LUT(ELE_LUT, Int(size(ELE_LUT.data,2)/180));
preview_data(ELE_LUT, 1)Land mask
LMK_LUT = load_LUT(LandMaskERA5{FT}());
LMK_LUT = regrid_LUT(LMK_LUT, Int(size(LMK_LUT.data,2)/180));
preview_data(LMK_LUT, 1)River flood plain height
FLD_LUT = load_LUT(FloodPlainHeight{FT}());
mask_LUT!(FLD_LUT, FT[0,Inf]);
FLD_LUT = regrid_LUT(FLD_LUT, Int(size(FLD_LUT.data,2)/180));
preview_data(FLD_LUT, 1)River height
RVH_LUT = load_LUT(RiverHeight{FT}());
mask_LUT!(RVH_LUT, FT[0,Inf]);
RVH_LUT = regrid_LUT(RVH_LUT, Int(size(RVH_LUT.data,2)/180));
preview_data(RVH_LUT, 1)River width
RVW_LUT = load_LUT(RiverWidth{FT}());
mask_LUT!(RVW_LUT, FT[0,Inf]);
RVW_LUT = regrid_LUT(RVW_LUT, Int(size(RVW_LUT.data,2)/180));
preview_data(RVW_LUT, 1)River length
RVL_LUT = load_LUT(RiverLength{FT}());
mask_LUT!(RVL_LUT, FT[0,Inf]);
RVL_LUT = regrid_LUT(RVL_LUT, Int(size(RVL_LUT.data,2)/180));
preview_data(RVL_LUT, 1)River manning coefficient
RVM_LUT = load_LUT(LandMaskERA5{FT}());
RVM_LUT = regrid_LUT(RVM_LUT, Int(size(RVM_LUT.data,2)/180));
preview_data(RVM_LUT, 1)River unit catchment area
UCA_LUT = load_LUT(UnitCatchmentArea{FT}());
UCA_LUT = regrid_LUT(UCA_LUT, Int(size(UCA_LUT.data,2)/180));
preview_data(UCA_LUT, 1)This page was generated using Literate.jl.